محمد خاتمی به سخنان عبدالرحیم سلیمانی اردستانی، روحانی شیعه، به دلیل تشکیک در صحت روایات مذهبی مربوط به کشته شدن فاطمه زهرا، دختر پیامبر اسلام، و نیز امام نهم شیعیان، اعتراض کرد. این اعتراض رییس‌جمهور سابق همزمان با حملات چهره‌های حکومت و مداحان به این روحانی منتقد صورت گرفت.

اردستانی پیش‌تر در مناظره‌ای با حامد کاشانی، روحانی نزدیک به حکومت، با اشاره به روایات شیعی درباره نحوه «شهادت» فاطمه زهرا گفته بود اگر «امام علی» به‌عنوان همسر او تنها نظاره‌گر بوده و اقدامی نکرده باشد، در آن صورت «شریک در قتل» به شمار می‌آید و «عدالت» او به چالش کشیده می‌شود. سلیمانی اردستانی همچنین علت کشته شدن جواد، امام نهم شیعیان، را «حسادت» همسرش پس از ازدواج مجدد او دانست و تاکید کرد که عزاداری برای چنین رویدادی پس از گذشت ۱۳۰۰ سال، فاقد معناست.

محمدعلی ابطحی،‌ معاون خاتمی در دولت اصلاحات، در اینستاگرام نوشت خاتمی اعتراض کرده که چرا اردستانی «این مباحث و این ادبیات را در این شرایط به کار گرفته است.»

او اشاره کرد جمعی که خاتمی در آن این سخنان را مطرح کرد نیز انتقاد کرده‌اند که سخنان اردستانی «به تفکر آرام نواندیشی دینی» آسیب می‌زند.